質問:
海洋モデルからのNetCDF出力をすばやく比較できるツールはどれですか?
ZZZ
2014-04-16 22:39:04 UTC
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モデル結果の視覚化とデータ分析のほとんどを行うために、独自のMATLABスクリプトを作成しています。さまざまな海洋モデリングシステムから得られたシミュレーション結果を視覚的に比較するためのより迅速な方法があるのだろうか。 CF( Climate and Forecast Metadata Conventions)準拠のNetCDFモデル出力で直接動作する(できれば無料の)ソフトウェアパッケージはありますか、それとも常に何らかのコーディングが必要ですか?

@bhfああ、ありがとう。それは現在、気候科学特有のもののように見えますが、それが海洋および大気科学の他の分野に広がることができれば、それは良いことになるだけです...
ここで買い物/推奨の質問をしないでください。 [softwarerecs.se]をお試しください
これがソフトウェア推奨事項の1つであることに同意しません。包括的な質問は、「これらの海洋データセットを比較するための迅速で簡単な方法は何か」というよりも「どのソフトウェアを使用すべきか」ではありません。質問を編集して強調を変更した場合、ここではかなり明確に有効になると思います。少し広いかもしれませんが、少し編集するだけで修正できると思います。おそらく、解決すべき問題の例です。
セブン 答え:
#1
+19
BHF
2014-04-22 10:33:01 UTC
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非常にすばやく視覚的に比較するには、キューブブラウザまたは ncview Climate Data Operatorsなどのコマンドラインツールと一緒に使用します。見栄えの良いグラフィック(およびアニメーション)をすばやく作成するには、 Panoplyが非常に効果的です。さらに分析したり、特別なグラフィックを作成したりするには、 MATLAB Python Irisなど)、 IDL 、 R nclまたはあなたの周りの人々が使用しているもの。

#2
+17
Deditos
2014-04-17 02:55:37 UTC
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netCDFの作成者である UNIDATAは、netCDFWebサイトで視覚化ソフトウェアのかなり広範なリストを維持しています。おそらくマゾヒスティックなExcelアドインについても言及しています。

何年にもわたって、 FerretはCF準拠のファイル(および非準拠)で信頼できることがわかりました。 1つ、さらに言えば)、インタラクティブなクイックルックと簡単な操作に役立ちます。たとえば、CFが推奨するUDUNITS時間形式を理解し、変数に scale_factor 属性と add_offset 属性を自動的に適用します。プレゼンテーションやパブリケーションの品質プロットに通常使用するPython / R / Matlabルートよりも、画面に何かを表示する方が確かに高速です。

GUIに似たビューアが必要な場合は、 Panoplyについて良いことを聞いたが、自分で使ったことがないことは認めざるを得ない。

ソフトウェアのリストをご指摘いただきありがとうございます。 [ncBrowse](http://www.epic.noaa.gov/java/ncBrowse/)は、試したものの中で最も簡単なポイントアンドクリックインターフェイスを備えていることがわかりました。
#3
+12
milancurcic
2014-04-23 08:52:59 UTC
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NetCDFファイルを簡単に確認するための2番目の ncview

Unidataの Integrated Data Viewer(IDV)も試してみることをお勧めします。さまざまなソースからの3Dで地球物理学フィールドをオーバーレイするのに最適です。 NetCDFに加えて、他の多くの形式をサポートしています。また、THREDDSおよびOpenDAPを介したさまざまな観測およびモデルデータリポジトリのプリロードされたリストが付属しています。 IDVでは、異なるグリッドまたはプロジェクション上のフィールド間の関数と操作を定義することもできます。私の意見では、IDVは真剣な分析には適していませんが、データセットを視覚的に探索するのには適していることに注意してください。

#4
+11
Matteo De Felice
2014-04-22 12:29:33 UTC
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通常、NetCDFファイルをすばやく表示するために次のソフトウェアを使用します。

  1. NASAPanoply( Panply netCDF、HDF、およびGRIBデータビューア):Javaベース、HDF、NetCDF、GRIBを開くのに非常に優れています...
  2. CDOはシェーディング、輪郭などとして機能します(非常に基本的ですが、コマンドラインからは便利です)
  3. MATLABおよびRwithそれらの基本的な機能
  4. ol>
#5
+11
ivica
2014-04-23 12:04:40 UTC
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私の視点を追加するだけです。

  1. ncksを使用すると、さまざまなことができます。たとえば、微分、取得、変数の抽出、ディメンションのスライスなどです。
  2. 二項演算を実行する場合netcdfファイルはncboを考慮します。巨大なファイルの場合、最初に必要なものを削減することを好みますが、opendapリモートも実行します。
  3. matlabが嫌いなので、NCL (NCAR)に移動しました。これは簡単で、ほとんどの一般的なモデル用にすでに多くのスクリプトが用意されています。出版物の品質の数値を生成していることを伝える必要はありません;)
  4. 同じ構文のPython用ライブラリ(pyNGL)の一部があるため、Pythonでも使いやすいnclに慣れたら、サポートしてください。 grib、hdf、...などの他の形式の場合
  5. ol>
#6
+6
arkaia
2015-01-27 02:30:16 UTC
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Matlabを使用すると、ncgeodataset( http://code.google.com/p/nctoolbox/wiki/ncgeodataset)を実行して、大きなデータセットをダウンロードせずにnetcdfをサブサンプリングできます。

たとえば、

  nc = ncgeodataset( 'http://thredds.jpl.nasa.gov/thredds/dodsC/ncml_aggregation/OceanTemperature/ghrsst/aggregate__ghrsst_JPL_OUROCEAN-L4UHfnd -GLOB-G1SST_OI.ncml '); gvar = nc.geovariable( 'analysed_sst'); s.time = {'20 -May-2012 '、' 24 -May-2012 '}; s.lat = [40 41.5]; s.lon = [0 2.0]; sub = gvar.geosubset(s); %サブセットメソッドpcolor(sub.grid.lon、sub.grid.lat、double(squeeze(sub.data(1、:、:)))-273.15);  
#7
+4
Neo
2014-04-16 22:47:52 UTC
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海洋モデリングの詳細はわかりませんが、ノードが編成されて記述される「標準」(つまり、X、Y、Z)がない限り、常にコーディングが必要になります。さらに、データファイルの書き込み方法は、モデル内のタスクがプロセッサに委任される方法によって常に異なります。モデルは、パーソナルPCまたはBeowulfクラスターで実行するように設計されていますか?

OpenDxなどを使用して、海洋モデリングの結果を比較できる場合がありますが、すべてのデータ型を適切にフォーマットするには、簡単なPythonスクリプトが必要だと思います。 。

netcdfはその標準を目指していると思いますが、ソフトウェアベンダーの間ではまだ受け入れが限られているようです。
@SimonW,地球科学変数のメタデータ標準を目指しているのはCFだと思います。 NetCDFは、コンテンツに依存しないコンテナ形式です。
@defitosは、CFの使用を提案しているため、実際には不可知論者ではありません。


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